เมื่อนําเข้าโครงการ (จากตัวช่วยการนําเข้าไฟล์ ->) Nios® II IDE จะไม่ย้ายหรือคัดลอกไฟล์ โดยจะเพิ่มลงในพื้นที่ทํางานโดยอ้างถึงสถานที่ตั้งโครงการ
Nios II IDE จะถามว่าคุณต้องการลบไดเรกทอรีดีบักและ/หรือรีลีสก่อนนําเข้าหรือไม่ ขอแนะนําให้ตอบใช่เพื่อหลีกเลี่ยงปัญหาที่อาจเกิดขึ้น โฟลเดอร์ดีบัก/รีลีสจะถูกสร้างขึ้นใหม่เมื่อสร้างโครงการ