เนื่องจากการเปลี่ยนแปลงในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 12.0, การสร้างความผิดปกติของAltera PLL (altera_pll) ที่สร้างขึ้นในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 11.1 SP2 และก่อนหน้านี้อาจส่งผลให้ไฟล์ต่างๆ ที่ขาดสัญญาณนาฬิกาเอาต์พุตบางส่วนหายไป ซึ่งอาจเกิดขึ้นโดยไม่คํานึงว่าเมกะวัตต์ถูกสร้างขึ้นใหม่โดยใช้ MegaWizard™ Plug-In Manager GUI หรือบรรทัดคําสั่ง qmegawiz ปัญหานี้อาจส่งผลกระทบต่อการออกแบบใดๆ โดยใช้การทํางานร่วมกันของ Altera PLL รวมถึงการกําหนดเป้าหมายการออกแบบStratix® V, อุปกรณ์ Arria® V และ Cyclone® V
ตัวอย่างเช่น หากคุณมีStratix V Altera เมกะฟังก์ชัน PLL ที่เกิดขึ้นในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 11.1 SP2 และคุณพยายามสร้าง PLL ใหม่ในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 12.0 ความผิดปกตินี้อาจสูญเสียการตั้งค่าการกําหนดค่าและแปลงกลับเป็นเอาต์พุตสัญญาณนาฬิกาเดียว
พารามิเตอร์การทํางานร่วมกันของ Altera PLL ในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 12.0 แตกต่างจากพารามิเตอร์ในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชัน 11.1 SP2 และก่อนหน้า ดังนั้นความผิดปกติจึงเข้ากันไม่ได้ระหว่างเวอร์ชัน