เนื่องจากปัญหาในเวอร์ชันซอฟต์แวร์ Quartus® II ใน 14.0 การกําหนดค่าของตัวแปร CONFIG_HPS_PERPLLGRP_PERNANDSDMMCCLK_CNT ที่กําหนดไว้ใน pll_config.h สามารถหยุด HPS จากการบูตเมื่อทั้ง NAND และตัวควบคุม SD/MMC ถูกปิดใช้งานใน Qsys HPS GUI
หากต้องการแก้ไขปัญหานี้ ให้เปิดใช้งานอย่างน้อยหนึ่งคอนโทรลเลอร์หากเป็นไปได้ หรือปรับเปลี่ยนค่า#define CONFIG_HPS_PERPLLGRP_PERNANDSDMMCCLK_CNT (4) ด้วยมือ