มีปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 8.1 และก่อนหน้าที่เกี่ยวข้องกับ PLL ที่เกี่ยวข้องกันที่ใช้คุณสมบัติการกําหนดค่าใหม่ในStratix® III, Cyclone® III และอุปกรณ์ iV Stratix
อัลกอริธึมของซอฟต์แวร์ที่แมปเอาต์พุตสัญญาณนาฬิกา PLL ใหม่เพื่อให้ตรงกับเอาต์พุตเคาน์เตอร์ที่เหมาะสมในฮาร์ดแวร์ PLL อาจใช้ข้อมูลการแมปที่ไม่ถูกต้องเมื่อ PLL แบบอัปสตรีมแบบกําหนดค่าใหม่เป็น PLL แบบดาวน์สตรีม เมื่อซอฟต์แวร์ทําการแมปเอาต์พุตสัญญาณนาฬิกา PLL ที่ไม่ถูกต้อง การออกแบบจะไม่ทํางานตามที่คาดหวังและการคอมไพล์อาจส่งผลให้เกิดอาการต่างๆ รวมถึงข้อผิดพลาดที่ไม่พอดีหรือข้อผิดพลาดภายในของซอฟต์แวร์
มีโปรแกรมแก้ไขสําหรับแก้ไขปัญหานี้ในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 8.1 ใช้ mySupport เพื่อขอ Quartus II 8.1 patch 0.28 สําหรับ Windows หรือ Linux และคอมไพล์การออกแบบใหม่ด้วยโปรแกรมแก้ไขที่ติดตั้ง
ปัญหานี้ได้รับการกําหนดเวลาให้แก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชันในอนาคต