มีข้อผิดพลาดในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชัน 9.1SP2 โดยสร้างไฟล์ที่เข้ารหัสไม่ถูกต้องสําหรับอุปกรณ์ Arria® II GX ในโหมดการกําหนดค่า AS
หากไฟล์ที่ไม่ได้เข้ารหัสกําหนดค่าอุปกรณ์ Arria II GX สําเร็จ แสดงว่าการเชื่อมต่อฮาร์ดแวร์นั้นดี ไฟล์ .jic หรือ .pof ที่จัดหาโดย Quartus II software เวอร์ชั่น 9.1SP2 มีจํานวน PLC ที่ไม่ถูกต้อง ดังนั้นการตรวจสอบCONF_DONEจึงล้มเหลว
การแก้ไขปัญหาชั่วคราวคือการปิดใช้งานCONF_DONEตรวจสอบในการตั้งค่าขั้นสูงในขณะที่แปลงไฟล์การเขียนโปรแกรม
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 10.0