ซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 8.0 SP1 และรุ่นก่อนหน้าบน Linux หรือ UNIX ห้ามอ่านไฟล์ quartus.ini จากไดเรกทอรี quartus/bin แต่ต้องมีไฟล์ quartus.ini ให้อยู่ในตําแหน่งต่อไปนี้:
- ไดเรกทอรีย่อย quartus/<linux/solaris> (ตามความเหมาะสม) ภายในการติดตั้ง Quartus II หากมีการใช้ quartus.ini สําหรับโครงการทั้งหมด
- ไดเรกทอรีโครงการ Quartus II หากมีการใช้ quartus.ini สําหรับโครงการปัจจุบันหรือภายในเท่านั้น
พฤติกรรมบน Linux มีกําหนดให้เปลี่ยนไปใช้การแมปพฤติกรรม Windows ในซอฟต์แวร์ Quartus II รุ่นใหม่ในอนาคต