คุณจะไม่สามารถกําหนดค่าอุปกรณ์ EP2S60 ด้วย Altera Serial FlashLoader โดยใช้ไฟล์ JIC ในโปรแกรมเมอร์ซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 5.0 SP1 เนื่องจากไฟล์ออกแบบ Serial FlashLoader สําหรับอุปกรณ์นี้ขาดหายไปในไดเรกทอรีติดตั้ง Quartus \bin\อุปกรณ์\โปรแกรมเมอร์.
มีโปรแกรมแก้ไข 1.05 เพื่อแก้ไขปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 5.0 SP1
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชัน 5.1 และใหม่กว่า