ในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 13.0sp1 และก่อนหน้า คุณต้องระบุค่าตัวนับ C (cnt_sel) อิงตามดัชนีตัวนับทางกายภาพ เพื่อเลือกตัวนับที่จะเปลี่ยนเฟส ข้อมูลดัชนีตัวนับทางกายภาพมีอยู่ในบทของ Clock Networks และ PLLs ของ Arria V, Cyclone V และคู่มืออุปกรณ์ V Stratix
ในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชัน 13.1 และใหม่กว่า ผู้ใช้สามารถระบุค่าตัวนับ C (cnt_sel) ตามดัชนีตัวนับเชิงตรรกะ ดัชนีตัวนับลอจิกจะแมปไปยังหมายเลขนาฬิกาเอาต์พุต (outclk0, outclk1...) ในเมกะวัตต์ PLL ของ Altera
สําหรับซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 13.0sp1 และก่อนหน้า ให้ระบุมูลค่า C counter (cnt_Sel) ที่มีดัชนีตัวนับทางกายภาพ
สําหรับซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 13.1 และใหม่กว่า ให้ระบุมูลค่าเคาน์เตอร์ C (cnt_sel) ที่มีดัชนีตัวนับแบบลอจิก