เนื่องจากปัญหาเกี่ยวกับ Altera® Hard IP สําหรับ PCI Express® ในอุปกรณ์ Arria® V และ Cyclone® V การสลับสัญญาณ cpl_err จะไม่บันทึกข้อผิดพลาดในการลงทะเบียนสถานะข้อผิดพลาด ปัญหานี้มีผลต่อสัญญาณ cpl_err[*] ทั้งหมด แต่ไม่ส่งผลต่อสัญญาณ cpl_err_func
ลอจิก Application Layer ต้องทําการเขียน LMI ไปยังรีจิสเตอร์ข้อผิดพลาดที่เหมาะสม และสร้าง TLP ที่เหมาะสมเพื่อแก้ไขปัญหาที่อธิบายไว้ ดูตาราง 2-29 ค่าสถานะการเสร็จสิ้นในข้อมูลจําเพาะ PCI Express Base 3.0
ปัญหานี้ไม่ได้รับการกําหนดเวลาให้ได้รับการแก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus® II ในอนาคต