เนื่องจากปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 14.0, Qsys จํากัดความถี่ขั้นต่ําของสัญญาณนาฬิกาผู้ใช้ HPS ไม่ถูกต้องกับความถี่ของสัญญาณนาฬิกาอ้างอิงภายนอก (OSC1/2)
การแก้ไขปัญหานี้แก้ไขการตั้งค่า PLL สําหรับนาฬิกาผู้ใช้ในไฟล์ /สร้าง/pll_config.h ก่อนเรียกใช้งานเพื่อสร้างตัวโหลดซอฟต์แวร์ล่วงหน้า
โปรดดูหน้าปรับแต่ง Preloader Clocking บน www.Rocketboards.org เพื่อดูข้อมูลเกี่ยวกับการแก้ไขpll_configด้วยตนเอง
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขแล้วสําหรับซอฟต์แวร์ Quartus II รุ่นถัดไป