ปัญหาสำคัญ
หากระบบประกอบด้วยตัวเร่งความเร็ว C2H การลบซอฟต์แวร์ โครงการที่กําหนดตัวเร่งความเร็วไม่ได้เป็นการลบตัวเร่งความเร็ว จากระบบฮาร์ดแวร์ และตรรกะตัวเร่งความเร็วจะยังคงอยู่ใน ระบบ SOPC Builder
ในการลบตัวเร่งความเร็วออกจากระบบ ให้ลบตัวเร่งความเร็ว จากมุมมอง C2H ใน Nios II IDE ก่อน แล้วจึงคอมไพล์อีกครั้ง โครงการซอฟต์แวร์ แล้วคอมไพเลอร์ C2H จะลบตัวเร่งความเร็ว จากระบบ SOPC Builder เมื่อการคอมไพล์เสร็จสิ้นแล้ว สามารถลบแอปพลิเคชันซอฟต์แวร์ออกจากพื้นที่ทํางานได้