มีปัญหาเกิดขึ้นกับช่องทําเครื่องหมาย "เริ่มต้นโปรเซสเซอร์" ในตัวเลือกการกําหนดค่าดีบักในเครื่องมือสร้างซอฟต์แวร์Nios® IIสําหรับEclipse การยกเลิกการทําเครื่องหมายที่ตัวเลือกนี้ไม่ได้เป็นการป้องกันไม่ให้โปรเซสเซอร์ทํางาน
ปัญหานี้จะได้รับการแก้ไขในเวอร์ชันในอนาคตของเครื่องมือสร้างซอฟต์แวร์Nios IIสําหรับEclipse