หากทั้งอุปกรณ์ RP และ EP PCIe® รองรับ Gen2 และลิงก์จะมีความเร็วระดับ Gen1 เท่านั้น
และนี่อาจเป็นปัญหาการตั้งค่า
ต่อข้อมูลจําเพาะพื้นฐาน PCIe เมื่อลิงก์เข้าสู่ L0 ใน Gen1 สําเร็จ ซอฟต์แวร์ต้องตั้งค่าบิต 5 ของการลงทะเบียน Link Control ในพอร์ตรากเพื่อกระตุ้นการเชื่อมต่อใหม่สําหรับการต่อรอง Gen2
สําหรับAltera®คอร์ PCIe การลงทะเบียน Link Control จะอยู่ที่0x90ในพื้นที่กําหนดค่า PCI