เนื่องจากปัญหาเกี่ยวกับซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 13.0sp1 และก่อนหน้า การรองรับ Cyclone® V SoC HPS สําหรับคอนโทรลเลอร์ DDR2 SDRAM ที่มี UniPHY การออกแบบที่ใช้คอนโทรลเลอร์ HPS SDRAM สําหรับ DDR2 SDRAM ที่มีความกว้างน้อยกว่า 24 บิตจะไม่ทํางานในฮาร์ดแวร์
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขด้วยซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชัน 13.1 และใหม่กว่า