ปัญหาสำคัญ
สําหรับโครงการที่สร้างขึ้นด้วย Nios II SBT และนําเข้า Nios II IDE การตั้งค่าการกําหนดค่า IDE จะไม่มีผล
ตัวอย่างเช่น การตั้งค่า objdump, คอมไพเลอร์ และตัวเชื่อมโยงที่ทําขึ้น IDE จะถูกละเลย ลักษณะการทํางานนี้เกิดขึ้นเนื่องจากโครงการ SBT Nios II ไม่ใช่โครงการที่มีการจัดการด้วย IDE นอกจากนี้ การกําหนดลักษณะที่เกี่ยวข้อง ไม่เกี่ยวข้องกับโครงการ SBT Nios IIนําเข้า IDE จะไม่สนใจ ตัวเลือกเหล่านี้ในระหว่างกระบวนการสร้าง
ทําให้การตั้งค่าเหล่านี้อยู่ในไฟล์ประกอบของโครงการ