ตัวเลือกลอจิก "Preserve Counter Order" ช่วยให้ Quartus II สามารถแปลงเอาต์พุตตัวนับให้ตรงตามข้อกําหนดที่เป็นไปได้ของการออกแบบ ตัวอย่างเช่น เมื่อไม่ได้ใช้ "Preserve Counter Order" นาฬิกาที่วางไว้บน C0 ในตัวช่วยสร้างอาจถูกปรับให้เป็น C2 ระหว่างขั้นตอนการคอมไพล์ที่เหมาะสมเพื่อเวียนส่งการออกแบบให้เสร็จสมบูรณ์
วิธีแก้ปัญหาที่ดีที่สุดสําหรับปัญหาที่ไม่พอดีนี้คือการคอมไพล์การออกแบบก่อนโดยไม่ได้เปิดใช้งานคุณสมบัติการกําหนดค่า PLL ใหม่ จากนั้นเมื่อมีการกําหนดคําสั่งซื้อเคาน์เตอร์ที่ดีที่สุดแล้ว ให้แก้ไข PLL ให้ตรงกับคําสั่งซื้อนั้น (ตามที่ระบุไว้ในรายงานการใช้งาน PLL) แล้วเปิดใช้งานคุณสมบัติการกําหนดค่า PLL ใหม่ Quartus II จะรักษาคําสั่งซื้อเคาน์เตอร์นี้เนื่องจากเปิดใช้งานการกําหนดค่าใหม่อยู่ และคุณจะประสบความสําเร็จในการออกแบบของคุณ