ปัญหานี้สามารถแก้ไขได้โดยการตั้งค่าQSYS_ROOTDIRเป็นตัวแปรของระบบ และเพิ่มตัวแปรดังกล่าวในคําสั่งพาธของระบบ อธิบายไว้ในคู่มือการติดตั้ง Quartus ในส่วน "ตัวแปรสภาพแวดล้อม Quartus Prime" :
/content/dam/altera-www/global/en_US/pdfs/literature/manual/quartus_install.pdf
ลิงก์ต่อไปนี้จะมีข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับตัวแปรเหล่านั้นและวิธีตั้งค่าใน Windows: