Nios® II IDE จะเรียกใช้งาน SOPC Builder ในบางการดําเนินการ ซึ่งอาจทําให้ SOPC Builder เปลี่ยนการประทับวันที่ของไฟล์ PTF แม้ว่าจะไม่มีการแก้ไขระบบก็ตาม ลักษณะการทํางานนี้อาจทําให้เกิดปัญหาหากคุณใช้ระบบควบคุมเวอร์ชัน
ในการแก้ปัญหา คุณสามารถเปลี่ยนคุณสมบัติไฟล์ PTF เป็นอ่านอย่างเดียวเพื่อป้องกันไม่ให้Nios II IDE เปลี่ยนไฟล์ อย่างไรก็ตาม คุณจะต้องมีสิทธิ์อ่านการเขียนสําหรับไฟล์ PTF หากคุณใช้ Nios II C2H Compiler