หลังจากออกจากชุดเครื่องมือตัวรับส่งสัญญาณแล้วเปิดขึ้นมาอีกครั้งกล่องโต้ตอบจะปรากฏขึ้นที่ ระบุว่า "อีกอินสแตนซ์ของคอนโซลระบบดูเหมือนว่าจะทํางานด้วยชื่อ: SystemConsole" อุปกรณ์นี้ไม่สามารถตั้งโปรแกรมใหม่ผ่าน JTAG ได้ ยกเว้นว่าบอร์ดจะถูกปิดและเปิดกลับ
ซึ่งเกิดขึ้นเนื่องจากกระบวนการ "quartus_py.exe" ไม่ทํางานอย่างถูกต้องเมื่อออกจากคอนโซลระบบ
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขเริ่มต้นด้วย Intel® Quartus®ซอฟต์แวร์ Prime Pro Edition เวอร์ชัน 22.3
เพื่อหลีกเลี่ยงปัญหานี้ในซอฟต์แวร์ Intel® Quartus® Prime Pro Edition เวอร์ชัน 22.1 หรือรุ่นก่อนหน้า ด้วยตนเอง ให้ยุติกระบวนการ "quartus_py.exe" ก่อนเปิดคอนโซลระบบใหม่
เมื่อต้องการทําเช่นนี้ให้เริ่มตัวจัดการงานของ Windows และหา "quartus_py.exe" ภายใต้แท็บ "กระบวนการ" แล้วคลิก "งานสิ้นสุด"