ซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 9.1 SP1 และใหม่กว่าอาจสร้างคําเตือนต่อไปนี้เมื่อมีการใช้ตัวรับส่งสัญญาณ PCS ในการออกแบบที่กําหนดเป้าหมายอุปกรณ์ Stratix® IV:
Warning: PLL cross checking found inconsistent PLL clock settings:
Warning: Clock: |receive_pcs0|clkout does not match the master clock period requirement: 0.001
Warning: Clock: |transmit_pcs0|clkout does not match the matser clock period requirement: 0.001
คําเตือนเหล่านี้ในการส่งและรับเอาต์พุตสัญญาณนาฬิกา PCS สามารถละเลยได้อย่างปลอดภัย เนื่องจากระยะเวลานาฬิกาสําหรับนาฬิกาเหล่านี้ถูกตั้งค่าอย่างถูกต้องใน TimeQuest Timing Analyzer
ขณะนี้ปัญหานี้ได้รับการกําหนดเวลาให้แก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชันในอนาคต