เครื่องมือ quartus_hps ลบทั้งเครื่องหมาย NAND Bad Block ในโรงงานและซอฟต์แวร์ยังคงรักษาตาราง Bad Block ซึ่งอาจนําไปสู่การทํางาน NAND ที่ไม่น่าเชื่อถือ อาการได้แก่ การไม่สามารถบูตจาก NAND เป็นระยะๆ หรือถาวร ไม่สามารถกําหนดค่าFPGAจาก HPS โดยใช้ NAND และข้อผิดพลาด NAND CRC
หากต้องการแก้ไขปัญหานี้ ให้ใช้ U-Boot หรือ Linux เพื่อตั้งโปรแกรมหน่วยความจํา NAND
หมายเหตุ: U-boot สามารถโหลดได้ผ่านตัวดีบักเกอร์ Arm DS-5 Altera Edition หรือจาก FPGA on-chip-ram และสามารถใช้ HPS ethernet หรือดีบักเกอร์เพื่อถ่ายโอนภาพ NAND ไปยัง SDRAM เพื่อใช้งานโดย u-boot สําหรับการเขียนโปรแกรม
ปัญหานี้ได้รับการกําหนดให้แก้ไขใน Quartus รุ่นในอนาคต