เมื่อคอมไพล์รหัส NIOS II C ผ่าน makefile แบบกําหนดเอง ขนาดตัวแปร "ยาว" คือ 8 ไบต์ อย่างไรก็ตาม เมื่อคอมไพล์แอปพลิเคชัน NIOS II ในeclipse NIOS II ขนาดคือ 4 ไบต์
ความเป็นไปได้ของการคอมไพล์ที่ไม่ถูกต้องผ่าน makefile แบบกําหนดเองนั้นมาจากการใช้ PC GCC ("x86_64-pc-cygwin") อย่างไรก็ตาม สิ่งที่ถูกต้องควรเป็น "nios2-elf-gcc"
เพื่อหลีกเลี่ยงปัญหานี้ ให้ใช้ NIOS II SBT เพื่อสร้างแอปพลิเคชัน NIOS II