เนื่องจากปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus® Prime Pro เวอร์ชัน 16.0 ขึ้นไป เมื่อเลือกโมดูลระบบย่อย Qsys ที่ซ้อนกันโดยใช้คําสั่ง 'เจาะลึกระบบย่อย' การสร้างไฟล์ HDL หรือการจําลองสําหรับโมดูลระบบย่อยนั้นไม่ทํางาน ปัญหานี้เกิดจากโมดูลไม่ได้รับการส่งอย่างถูกต้องเนื่องจากเป็นปัญหา
หากต้องการแก้ไขปัญหานี้ คุณสามารถสร้างจากไฟล์ Qsys ระดับสูงสุดหรือบรรทัดคําสั่ง อีกวิธีหนึ่งคือเปิดไฟล์ Qsys ของระบบย่อยโดยตรงแล้วสร้างไฟล์ทดสอบที่จําเป็น
ปัญหานี้ได้รับการกําหนดเวลาให้แก้ไขคือเวอร์ชันในอนาคตของซอฟต์แวร์ Quartus® Prime