คุณสามารถได้รับข้อผิดพลาดในการตรวจสอบด้วยซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชัน 5.1 โปรแกรมเมอร์หากอุปกรณ์แฟลชของคุณไม่ได้ถูกลบเมื่อคุณตั้งโปรแกรมด้วยการออกแบบใหม่ โปรแกรมเมอร์ในเวอร์ชั่น 5.1 จะไม่ล้างอุปกรณ์แฟลชโดยอัตโนมัติก่อนการเขียนโปรแกรม คุณต้องทําเครื่องหมายที่กล่องเพื่อหาฟังก์ชันลบเพื่อทําการลบแฟลชก่อนทําการเขียนโปรแกรม โปรแกรมเมอร์ไม่อนุญาตให้คุณทําเครื่องหมายที่กล่องลบและโปรแกรมในเวลาเดียวกัน
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขเริ่มต้นด้วยซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 6.0