เนื่องจากปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 13.1 อัปเดต 4 และใหม่กว่า "แสดงพินอินเทอร์เฟซฮาร์ด PCIe" สําหรับ Cyclone® V GX (5CGXFC5C6U19A7) แสดง PCIe® Hard IP เดียวเท่านั้น
ตัวแปรอุปกรณ์นี้รองรับ Hard PCIe Hard IP สองตัวที่สถานที่ต่อไปนี้
ตําแหน่ง PCIe HARD IP ที่ 1 AA2/AA1(ตัวรับสัญญาณ), Y4/Y3(ตัวส่ง) nPERSTL1 PIN_R17
ตําแหน่ง IP PCIe HARD ที่ 2 D4/D3(ตัวรับสัญญาณ), C2/C1(ตัวส่ง) nPERSTL0 PIN_R16