มีปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 8.1 ที่ใช้ค่า Program Length Count (PLC) ที่ไม่ถูกต้องใน ไฟล์ JIC ที่สร้างขึ้นสําหรับอุปกรณ์ Stratix® III โดยใช้ Serial Flash Loader (SFL) คุณสามารถลองปรับค่า PLC ในกรณีส่วนใหญ่ การปรับค่า PLC เป็น -8 จะแก้ไขปัญหาดังกล่าวได้ ค่า PLC สามารถปรับได้โดยใช้แท็บ "ขั้นสูง" จากหน้าต่าง แปลงไฟล์โปรแกรม
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 9.0