เนื่องจากข้อบกพร่องใน Quartus® ซอฟต์แวร์ II 10.0sp1 และเวอร์ชันที่เก่ากว่า, การกําหนดตําแหน่งพินที่ไม่ถูกต้องสําหรับ PCIe® HIP ได้รับอนุญาต
หากมีการวางเลน PCIe HIP0 ไม่ถูกต้องในช่องสัญญาณทางกายภาพที่แตกต่างจากช่องสัญญาณ 0 ของ Master Transceiver Block วิธีแก้ไขปัญหาเฉพาะที่มีคือ:
1. เปลี่ยน HardIP ด้วย SoftIP
2. ปรับขยาย PCB ด้วยพินที่แก้ไขแล้ว
3. พยายามใช้คุณสมบัติ "การย้อนกลับเลน" ของ PCI Express เพื่อเปิดใช้งานการกําหนดค่า x1
หาก PCIe HIP ได้รับการกําหนดค่าสําหรับซอฟต์แวร์ x1 และ Quartus II 10.0 และเวอร์ชันก่อนหน้าอนุญาตให้กําหนดเลน0 ไปยังช่อง 1 ของบล็อกตัวรับส่งสัญญาณ Master PCIe HIP จะใช้คุณสมบัติการย้อนกลับเลนและลิงก์สูงสุด x1 เลนโดยอัตโนมัติ
สําหรับCyclone® ซอฟต์แวร์ IV GX หากคุณได้วาง x1 PCIe HIP ไว้อย่างไม่ถูกต้องบนเลน 1 และช่องสัญญาณ0 ไม่ได้ถูกใช้หรือไม่ได้เชื่อมต่อบน PCB ของคุณ เพียงแค่สร้างคอร์ PCIe HIP ใหม่เป็นอินเทอร์เฟซ x2 ที่มีเลน0 บนช่อง 1 และเลน 1 บนช่อง 0 จากนั้นคอร์จะลงฝึกฝนไปยังอินเทอร์เฟซ x1 โดยอัตโนมัติโดยใช้คุณสมบัติการกลับเลน
Quartus II เวอร์ชันซอฟต์แวร์ 10.1 รีลีสและเวอร์ชั่นที่ใหม่กว่าจะเกิดข้อผิดพลาดหากมีการบ้านพินที่ไม่ถูกต้อง