เนื่องจากปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 11.0 และใหม่กว่าสําหรับ Linux หากตัวจัดการปลั๊กอิน MegaWizard™ ถูกเปิดจากบรรทัดคําสั่ง (qmegawiz) ก็จะออกจากการทํางานโดยมีข้อผิดพลาดเมื่อคลิกลิงก์ IP MegaStore™
หากต้องการแก้ไขปัญหานี้ ให้เปิดตัวจัดการปลั๊กอิน MegaWizard จากเมนูเครื่องมือของ Quartus II GUI
ปัญหานี้ได้รับการกําหนดเวลาให้แก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II รุ่นถัดไป