ปัญหาได้รับการระบุด้วยอัลกอริธึมการสร้าง Qsys และการจัดการโครงการที่ส่งผลให้เกิดเจนเนอเรชั่นรหัสที่ไม่ใช่เชิงกําหนด HDL มีผลใช้ได้ในแต่ละเจนเนอเรชั่นแต่ลําดับของอินสแตนซ์อาจแตกต่างกันไปตามการใช้งาน ปัญหานี้พบได้ใน Qsys 11.0 และ 11.1 ทุกเวอร์ชัน (โดยมีและไม่มี Service Pack)
ปัญหานี้จะแก้ไขได้ในเวอร์ชัน 12.0 ของ Qsys