ปัญหาอาจเกิดขึ้นเมื่อตั้งโปรแกรมอุปกรณ์ EPCS ว่างเปล่าที่เชื่อมต่อกับStratix® II FPGAด้วย ไฟล์ JIC ที่สร้างขึ้นในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชัน 4.2 SP1 และรุ่นก่อนหน้า
โปรแกรมเมอร์ Quartus II จะรายงานข้อความแสดงข้อผิดพลาดต่อไปนี้:
"ไม่รู้จักซิลิคอน ID สําหรับอุปกรณ์ "
ในการแก้ไขปัญหานี้ ติดต่อแอปพลิเคชัน Altera เพื่อรับโปรแกรมแก้ไข 1.10 สําหรับซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 4.2 SP1 ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชัน 5.0 และใหม่กว่า ปัญหานี้มีผลต่อตระกูล Stratix II เมื่อใช้กับอุปกรณ์กําหนดค่าแบบอนุกรมที่ทํางานอยู่เท่านั้น