ในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 15.0 และก่อนหน้า การพยายามกระตุ้นNios IIขัดจังหวะที่ส่งออกจากระบบย่อย Qsys ภายในระบบหลัก Qsys ตามลําดับชั้นจะไม่สําเร็จ
แทนที่จะส่งออกสัญญาณตัวรับสัญญาณ Nios II Interrupt โดยตรง ให้เชื่อมต่อเข้ากับ IRQ Bridge Interrupt Sender จากนั้น ส่งออกตัวรับสัญญาณ IRQ Bridge Interrupt ไปยังระบบหลัก Qsys ระดับสูงสุด ด้วยวิธีนี้ Nios IIจะสามารถรับสัญญาณขัดจังหวะที่ส่งผ่าน IRQ Bridge
หรือสร้างระบบNios IIโดยตรงในระบบหลัก Qsys แทนระบบย่อย Qsys ในรูปแบบการจัดลําดับขั้น
ปัญหานี้ได้รับการกําหนดให้แก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชันในอนาคต