สาเหตุที่พบบ่อยที่สุดสําหรับการสร้างสคริปต์ตัวเชื่อมโยงแบบกําหนดเองคือการเพิ่มการแมปส่วนตัวเชื่อมโยงแบบกําหนดเองหรือภูมิภาคหน่วยความจําเพิ่มเติม ทั้งสองฟังก์ชันเหล่านี้มีให้มาภายใน Nios® II BSP Editor โดยคลิกขวาที่โครงการ BSP ภายใน Eclipse แล้วเลือกNios II -> BSP Editor แล้วเลือกแท็บ "Linker Script"
หากผู้ใช้ต้องใช้แง่มุมของสคริปต์ลิงก์ที่ไม่มีใน gui แสดงว่าสคริปต์ลิงก์ที่สร้างขึ้นโดย BSP GUI ไม่สามารถใช้งานได้ หลังจากสร้างสคริปต์ลิงก์แบบกําหนดเองแล้ว ให้บันทึกไฟล์นี้ลงในโครงการซอฟต์แวร์ของคุณในเครื่อง แล้วเปิด Makefile เพื่อแก้ไข ค้นหาบรรทัด Makefile ที่มีการมอบหมายที่ว่างเปล่าสําหรับตัวแปร "LINKER_SCRIPT" และกรอกบรรทัดให้สมบูรณ์เพื่อชี้ไปที่สคริปต์แบบกําหนดเองของคุณ หลังจากบันทึก makefile แล้ว สคริปต์ลิงก์นี้จะถูกใช้สําหรับการสร้างซอฟต์แวร์ของคุณในอนาคต