การเขียนโปรแกรมของอุปกรณ์กําหนดค่าแบบอนุกรมที่แตกต่างจากอุปกรณ์ที่เลือกในไฟล์ .jic เป็นไปได้หรือไม่

Quartus® II Programmer รองรับการเขียนโปรแกรมอุปกรณ์กําหนดค่าแบบอนุกรมผ่าน JTAG และ Serial Flash Loader ซึ่งเป็นความหนาแน่นที่สูงกว่าอุปกรณ์ที่แต่เดิมตั้งเป้าไว้ที่ไฟล์ .jic  ตัวอย่างเช่น ไฟล์ .jic ที่มุ่งเป้าไปที่อุปกรณ์ EPCS64 อาจถูกนําไปใช้ตั้งโปรแกรมอุปกรณ์ EPCS128 โดยใช้โปรแกรมเมอร์ Quartus II

ไฟล์ SVF และ JAM ที่สร้างขึ้นจากไฟล์ .jic สามารถใช้ตั้งโปรแกรมอุปกรณ์เป้าหมายเท่านั้น

Quartus II Programmer จะช่วยให้อุปกรณ์ EPCQ256 สามารถตั้งโปรแกรมโดยไฟล์ .jic ที่มุ่งเป้าไปที่อุปกรณ์ที่มีความหนาแน่นต่ํากว่า  ในกรณีนี้การกําหนดค่าFPGAอาจล้มเหลวเนื่องจากความแตกต่างในรูปแบบของข้อมูลสําหรับอุปกรณ์ขนาด 256Mb หรือมากกว่า

Quartus II prgrammer มีกําหนดที่จะอัปเดตเพื่อไม่อนุญาตให้มีการเขียนโปรแกรมอุปกรณ์ EPCQ256 โดยใช้ไฟล์ .jic สําหรับอุปกรณ์ที่มีความหนาแน่นต่ํา