เนื่องจากปัญหาที่ทราบกันในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 11.0 SP1 และก่อนหน้านี้เครื่องมือเวอร์ชั่นพีซีไม่อนุญาตให้รับอินพุต STDIN จากหน้าต่าง System Console GUI ปัญหานี้ไม่มีผลต่อเครื่องมือเวอร์ชัน Linux
เพื่อแก้ไขปัญหานี้ เป็นไปได้ที่จะเปิดคอนโซลระบบในโหมดบรรทัดคําสั่งแบบโต้ตอบโดยใช้คําสั่งต่อไปนี้:
cd %QUARTUS_ROOTDIR%\sopc_builder\bin
system-console -cli
ปัญหานี้ได้รับการกําหนดเวลาให้แก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชันในอนาคต