ความแตกต่างอาจเกิดจาก JTAG USERCODE ค่าในการลงทะเบียนตัวเลือก เมื่อมีการเปิดใช้งานตัวเลือกรหัสผู้ใช้อัตโนมัติ จะมีการอัพเดตค่า checksum ในการคอมไพล์แต่ละครั้ง ลงทะเบียน JTAG USERCODE ในการเขียนโปรแกรมโดยอัตโนมัติ ไฟล์ที่แตกต่างกัน
ในตัวเลือก อุปกรณ์และพิน ภายใต้แท็บ ทั่วไป ให้ปิดกล่องกาเครื่องหมาย รหัสผู้ใช้อัตโนมัติ ซึ่งจะเปิดใช้งานการตั้งค่าตัวเลือกรหัสผู้ใช้ JTAG เป็นค่าเริ่มต้น0xFFFFFF คุณสามารถตั้งค่า hex ใดๆ สําหรับรหัสผู้ใช้ JTAG ได้ ตราบเท่าที่ค่าจะเท่ากันสําหรับโหมดฐานและโหมดการปรับปรุงก่อนที่จะคอมไพล์แต่ละครั้ง ตรวจสอบให้แน่ใจว่าการตั้งค่าตัวเลือกอื่นๆ ใน Quartus® II เป็นการตั้งค่าเดียวกันสําหรับโหมดพื้นฐานและโหมดการปรับปรุงก่อนที่จะคอมไพล์แต่ละครั้ง