ในEclipse Galileo ซึ่งมาพร้อมกับ Quartus® II เวอร์ชั่น 10.1sp1 และก่อนหน้านี้มีปัญหาที่รายงานเกี่ยวกับการจัดทําดัชนีไฟล์ C และ C ปัญหาเหล่านี้สามารถแก้ไขได้โดยการเปลี่ยนตัวทําดัชนีเพื่อแยกวิเคราะห์ไฟล์ต้นฉบับอย่างสมบูรณ์
ใน Eclipse ให้เลือก การกําหนดลักษณะ>หน้าต่าง และใต้แผนภูมิตัวเลือก C/C ให้เลือก ตัวทําดัชนี ในการดึง "Select Indexer" ให้เลือกตัวเลือก "ตัวทําดัชนี C/C เต็มรูปแบบ (แยกวิเคราะห์ทั้งหมด)"
ปัญหานี้ไม่มีอยู่ในEclipse Helios Service Release เวอร์ชัน 1 ที่มาพร้อมกับ Quartus II เวอร์ชัน 11.0 และใหม่กว่า