Nios® IIโค้ดปฏิบัติการแบบฝังตัวของโปรเซสเซอร์ไม่ได้รับการเขียนโปรแกรมอย่างถูกต้องบนอุปกรณ์ EPCS ที่มีห่วงโซ่เครื่องมือ 9.0 และ 9.0sp1 Nios II Flash Programmer เวอร์ชัน
เวอร์ชั่น 9.0 และ 9.0sp1 มีข้อบกพร่องในห่วงโซ่เครื่องมือ หากต้องการแก้ไขปัญหานี้ โปรดติดต่อฝ่ายสนับสนุนทางเทคนิคAltera®ผ่าน mySupport เพื่อร้องขอโปรแกรมแก้ไข Nios II EDS 1.01
ปัญหานี้จะได้รับการแก้ไขโดย Nios II EDS เวอร์ชัน 9.0sp2