ในเครื่องมือ Qsys ซอฟต์แวร์ Quartus® II ทุกเวอร์ชันก่อนเวลา 12.0 ตัวจับเวลาแบบตั้งเวลาจะไม่ส่งออกอินเตอร์เฟซรีเซ็ตเอาต์พุต ตัวจับเวลาของอินเทอร์เฟซนี้ใช้เพื่อระบุว่า watchdog หมดอายุแล้ว ผลที่ได้รับจากรีเซ็ตหมายความว่าตัวจับเวลาของ watchdog ไม่สามารถรีเซ็ตระบบ Qsys เมื่อหมดอายุของตัวจับเวลาได้
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขในเวอร์ชัน 12.0 และใหม่กว่าของซอฟต์แวร์ Quartus II