เนื่องจากปัญหาในซอฟต์แวร์ Nios® II SBT เวอร์ชั่น 13.0 ใน QSYS ที่มีระบบย่อยเมื่อผู้ใช้กําหนด "IRQ = 1" ให้กับส่วนประกอบ "Generic Tri-State Controller" Nios® II SBT จะสร้างไฟล์ "system.h" ที่มี "#define < Generic Tri-State Controller Name>_IRQ -1" แทนที่จะเป็นค่าที่ตรงกัน "1" ใน QSYS
ปัญหานี้เกิดขึ้นเมื่อมีส่งออกการขัดจังหวะจากระบบย่อย QSYS ผ่าน IRQ Bridge BSP Builder ไม่ได้กําหนดการขัดจังหวะอย่างถูกต้องใน "system.h" และจะปรากฏแทนเป็น "-1"
ในการแก้ไขปัญหานี้ ผู้ใช้อาจจําเป็นต้องแก้ไข IRQs ที่ไม่ถูกต้องในระบบด้วยตนเองเพื่อให้ตรงกับ QSYS
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขเริ่มต้นด้วยซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชัน 14.0