เนื่องจากปัญหาที่ทราบกันในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 14.1 คุณอาจไม่สามารถกําหนดค่าอุปกรณ์ Arria® 10 มากกว่า JTAG ได้ หากยังมีอุปกรณ์ MAX® 10 ในห่วงโซ่เดียวกันซึ่งไม่ได้ถูกตั้งโปรแกรมในการทํางาน JTAG เดียวกัน
เพื่อหลีกเลี่ยงปัญหานี้ ทางกายภาพจะข้ามอุปกรณ์ MAX 10 บนบอร์ดและกําหนดค่าเฉพาะอุปกรณ์ Arria 10 หรือกําหนดค่าอุปกรณ์ทั้งสองในการทํางานเดียวกัน
ปัญหานี้ได้รับการกําหนดเวลาให้แก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II ในอนาคต