จํานวนคําสั่งที่ใช้มากกว่าหนึ่งรอบนาฬิกาจะถูกกําหนดโดยความซับซ้อนของ ALU และสถาปัตยกรรมไปป์ไลน์ ดังนั้น รอบขั้นต่ําและสูงสุดต่อคําสั่งขึ้นอยู่กับคอร์ที่คุณเลือก (Nios® II/f, Nios II/s, Nios II/e)
คอร์ Nios II/f มี ALU ที่ใหญ่กว่าและซับซ้อนกว่า ซึ่งดําเนินการคําสั่งบางอย่างได้เร็วขึ้น คอร์ Nios II/e มี ALU ที่เล็กลง ซึ่งโดยทั่วไปจะใช้รอบสัญญาณนาฬิกามากขึ้นเพื่อดําเนินการตามคําสั่ง การใช้งานตรรกะการค้าเพื่อประสิทธิภาพ ตัวอย่างเช่น การใช้คอร์ Nios II/f คําสั่งการเปลี่ยนบาร์เรลจะดําเนินการโดยการสลับคําก่อนเปลี่ยนบิตแต่ละตัว เพื่อให้คําสั่งเปลี่ยนกะบาร์เรลเสร็จสมบูรณ์ในรอบสัญญาณนาฬิกาที่น้อยลง คอร์ Nios II/e จะเปลี่ยนทีละเล็กน้อยผ่านคํา 32 บิต ซึ่งอาจใช้รอบสัญญาณนาฬิกาถึง 32 รอบ
สําหรับรายละเอียดเกี่ยวกับคอร์Nios IIแต่ละคอร์รวมถึงรอบต่อคําสั่ง โปรดดูบทที่ 5 Nios II รายละเอียดการใช้งานคอร์ ใน คู่มืออ้างอิงโปรเซสเซอร์ Nios II (http://www.altera.com/literature/lit-nio2.jsp)