เนื่องจากปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus® II การใช้ไฟล์ปฏิบัติการบรรทัดคําสั่ง qmegawiz เพื่อสร้างฟังก์ชัน ALTPLL อาจเพิ่มหรือลบพอร์ตที่ไม่ต้องการไปยังไฟล์เอาต์พุต Verilog HDL หรือ VHDL ของคุณ รวมถึงพอร์ตแยกและล็อค
ในการหลีกเลี่ยงปัญหานี้ ให้ใช้ตัวจัดการปลั๊กอิน MegaWizard™ กับ GUI