ยูทิลิตี้ sof2flash มีตัวเลือก --บีบอัดตัวเลือก ซึ่งจัดทําไว้ในตารางที่ 3-3 ของคู่มือผู้ใช้ Nios® II Flash: http://www.altera.com/literature/ug/ug_nios2_flash_programmer.pdf
อย่างไรก็ตาม สามารถสังเกตได้ว่าตัวเลือกนี้ไม่มีผลกับขนาดของไฟล์ .flash ที่เป็นผลลัพธ์
ตัวเลือก --compress ยังไม่ทํางานในยูทิลิตี้ sof2flash และไฟล์แฟลชที่ผลิตอย่างมีประสิทธิภาพก็เป็นรูปแบบการบีบอัดเสมอ
ปัญหานี้จะแก้ไขได้ในเครื่องมือ sof2flash เวอร์ชั่นในอนาคต