ปัญหาที่ทราบกันดีว่ามีการสร้างอินสแตนซ์หลายตัวของคอนโทรลเลอร์หน่วยความจําที่ใช้ UniPHY เดียวกันในระบบ Qsys ขั้นตอนการปรับประสิทธิภาพ Qsys จะสร้างเฉพาะไฟล์ pin_assignments.tcl และไฟล์สนับสนุนอื่นๆ สําหรับคอนโทรลเลอร์ดั้งเดิมและนําไฟล์เหล่านี้กลับมาใช้ใหม่สําหรับอินสแตนซ์อื่นๆ ทั้งหมดของคอนโทรลเลอร์เดียวกัน
วิธีแก้ไขปัญหาชั่วคราวคือการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยไปยังพารามิเตอร์ที่ไม่สําคัญในคอร์ UniPHY เพื่อให้ Qsys จดจําคอร์เฉพาะและจะสร้างไฟล์ที่เหมาะสมทั้งหมด การเปลี่ยนแปลงที่ง่ายที่สุดคือการปรับเปลี่ยนหนึ่งในพารามิเตอร์การเสียบบอร์ดในแท็บการตั้งค่าบอร์ดโดย 0.001ps ตัวอย่างเช่น เปลี่ยน "ความล่าช้า CK สูงสุดเป็น DIMM/อุปกรณ์" จาก 0.6ns เป็น 0.599ns
เมื่อคุณทําให้อินสแตนซ์ทั้งหมดของคอนโทรลเลอร์ UniPHY ไม่ซ้ํากัน ให้สร้างระบบ Qsys ใหม่ และแต่ละอินสแตนซ์ควรมีชุดไฟล์เป็นของตัวเอง