มีปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus® II เวอร์ชั่น 9.1 และก่อนหน้า ที่พาธการย้ายจากอุปกรณ์ Stratix® IV GX EP4SGX530KH40 ไปยังอุปกรณ์ HardCopy® IV GX HC4GX35FF1517 ไม่สามารถทราบข้อจํากัดในการใช้บล็อก PCIe Hard IP (HIP) ระหว่างขั้นตอนการปรับพอดี IV GX Stratix
เมื่อการออกแบบมุ่งเป้าไปที่อุปกรณ์ HardCopy IV GX HC4GX35FF1517 ที่มีอุปกรณ์ IV GX EP4SGX530KH40 Stratixเป็นต้นแบบและมีอินเทอร์เฟซ PCIe ใช้อุปกรณ์รับส่งสัญญาณเฉพาะ Quads GXBL0, GXBL1, GXBR0 และ GXBR1 ที่มีบล็อก PCIe HIP บล็อก PCIe HIP ไม่มีให้สําหรับ Quads GXBR2 และ GXBL2
ปัญหานี้ได้รับการกําหนดเวลาให้แก้ไขในซอฟต์แวร์ Quartus II ในอนาคต