เนื่องจากปัญหาในซอฟต์แวร์ Quartus II เวอร์ชั่น 9.1 และใหม่กว่า สัญญาณนาฬิกาเอาต์พุตอาจไม่เปิดปิดในระหว่างการจําลองการทํางานของตัวนับเอาต์พุต PLL ในการออกแบบที่กําหนดเป้าหมายCyclone III และอุปกรณ์ iV Cyclone ปัญหานี้เกี่ยวข้องกับโมเดลการจําลองที่ใช้งานได้และไม่ส่งผลกระทบต่อพฤติกรรมของฮาร์ดแวร์
ในการแก้ไขปัญหานี้ ให้ใช้การจําลองการกําหนดเวลาเมื่อฟังก์ชัน ALTPLL ได้รับการกําหนดค่าเพื่อใช้การขยายช่องสัญญาณเอาต์พุต การจําลองเวลาไม่ได้รับผลกระทบจากปัญหาในแบบจําลองการจําลองที่ใช้งานได้