พบปัญหาในโปรแกรมเมอร์ Nios® II Flash ในเวอร์ชั่น 11.x ที่ป้องกันไม่ให้ผู้ใช้สามารถบันทึกการตั้งค่าโครงการ เว้นแต่มีชื่อไฟล์เป้าหมายอยู่แล้ว
หากต้องการแก้ไขปัญหานี้ ให้สร้างไฟล์ว่างเปล่าที่มีชื่อเดียวกันกับโครงการที่จะบันทึก การพยายามบันทึกโครงการในครั้งต่อไปควรประสบความสําเร็จ
ปัญหานี้จะได้รับการแก้ไขในเครื่องมือสร้างซอฟต์แวร์Nios IIสําหรับEclipseในอนาคต