เนื่องจากปัญหาเกี่ยวกับ CPRI MegaCore® ในเวอร์ชั่น 11.1 และรุ่นก่อนหน้าของซอฟต์แวร์ Quartus® II ระบบที่ใช้Altera® CPRI MegaCore เป็นหลักและผู้จัดจําหน่ายรายอื่นเนื่องจาก Slave อาจล้มเหลวในการเข้าถึงสถานะ HFNSYNC
ซึ่งไม่มีผลต่อระบบที่มีมาสเตอร์ CPRI ของบุคคลที่สามที่เชื่อมต่อกับAltera CPRI MegaCore ซึ่งกําหนดค่าเป็น Slave หรือระบบที่ทั้งสองโหนดใช้ Altera CPRI MegaCore
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขในเวอร์ชัน 12.0 และใหม่กว่าของซอฟต์แวร์ Quartus II