คุณอาจสังเกตค่า Jitter ที่เพิ่มขึ้นบนช่องสัญญาณตัวส่งสัญญาณที่ทํางานอยู่ด้วย CMU PLL ในขณะที่ทําการรีเซ็ตช่องสัญญาณตัวรับส่งสัญญาณที่อยู่ติดกัน ปัญหานี้เกิดขึ้นเมื่อเปิดใช้งานหรือปิดใช้งานสัญญาณนาฬิกาซีเรียลความเร็วสูง CMU PLL พร้อมกันบนช่องสัญญาณที่อยู่ติดกัน ซึ่งทําให้การบริโภคในปัจจุบันและค่า jitter เพิ่มขึ้นอย่างฉับพลันในช่องสัญญาณตัวส่งสัญญาณที่ทํางานอยู่
เมื่อต้องการแก้ไขปัญหานี้ ให้ใช้ ATX PLL หรือ fPLL แทน CMU PLL
ปัญหานี้จะไม่ได้รับการแก้ไขในเวอร์ชั่น Intel® Quartus® Prime Edition ในอนาคต