ไม่สามารถเลือกตัวเลือก "Link Common Clock" สําหรับคอมไพเลอร์ IP สําหรับคอร์ PCI express ระหว่างการปรับแต่งใน Qsys นี่เป็นเพราะตัวเลือกที่ถูกละเว้นจาก GUI การกําหนดค่าอุปกรณ์ต่อพ่วง
ปัญหานี้ได้รับการแก้ไขแล้วใน Quartus® ซอฟต์แวร์ II เวอร์ชัน 11.1 Service Pack 2